二代测序技术的一些***研究进展①
疾病诊断与***领域 :消化系统**标志物检测:2024 年的**共识指出,二代测序(NGS)技术可同时检测消化系统**中的多种标志物,如错配修复基因变异、微卫星不稳定性(MSI)状态、**突变负荷(TMB)等,为**的精细***提供了更***、准确的信息。例如,MSI-H 的实体瘤患者可使用帕博利珠单抗进行***,而 NGS 技术能更好地检测 MSI 状态及相关耐药机制。
**液体活检:通过检测血液中的循环** DNA(ctDNA)等标志物,实现对**的早期筛查、诊断和***监测。NGS 技术能够更敏感地检测到 ctDNA 中的基因突变和变异,为**的无创诊断提供了有力支持。
二代测序结果怎么分析?吉林哪里有二代测序检测
什么样本可以做二代测序?②
组织样本
新鲜组织:如手术切除的**组织、活检组织等。新鲜组织样本中的细胞完整性较好,能够提供高质量的DNA和RNA。在**研究中,对新鲜**组织进行全基因组测序、转录组测序等,可以深入了解**的基因突变、基因表达变化等情况。例如,在研究结直肠*的发病机制时,对手术切除的结直肠*组织及其*旁组织进行测序,比较两者之间的差异,以发现**相关的基因变异和表达调控异常。
福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织:这是临床上常用的保存组织样本的方式。FFPE组织中的DNA和RNA会有一定程度的损伤和降解,但经过适当的提取和修复处理后,仍然可以用于二代测序。在回顾性研究中,大量的FFPE组织存档样本可以被利用起来。例如,对多年前保存的乳腺*FFPE组织进行测序,研究乳腺*的疾病进展和***反应相关的基因变化。 安徽哪里有二代测序应用二代测序的优势是高灵敏度。
对于二代测序的概念是什么?
第二代测序(Next-generationsequencing,NGS)又称为高通量测序(High-throughputsequencing),是基于PCR和基因芯片发展而来的DNA测序技术。我们都知道一代测序为合成终止测序,而二代测序开创性的引入了可逆终止末端,从而实现边合成边测序(SequencingbySynthesis)。二代测序在DNA复制过程中通过捕捉新添加的碱基所携带的特殊标记(一般为荧光分子标记)来确定DNA的序列,现有的技术平台主要包括Roche的454FLX、lllumina的Miseq/Hiseg等。2005年,罗氏推出了二代测序仪罗氏454,生命科学开始进入高通量测序时代。2006年,随着Ilumina系列测序平台的推出,极大降低了二代测序的价格,推动了高通量测序在生命科学各个研究领域的普及。
二代测序——转录组测序的实验流程(上)
样本采集和 RNA 提取
样本采集需要考虑研究目的和样本类型。例如,研究**组织的转录组,就要准确获取**组织样本,同时比较好有对应的正常组织作为对照。RNA 提取方法有多种,常用的如 Trizol 法,它可以有效地从细胞或组织中提取总 RNA,包括 mRNA、rRNA 和 tRNA 等。提取后的 RNA 质量至关重要,需要通过琼脂糖凝胶电泳或专门的 RNA 质量检测仪器来评估 RNA 的完整性和纯度。
RNA 质量检测和定量
完整性方面,通常使用 RNA 完整性指数(RIN)来衡量。RIN 值越高(一般认为 RIN > 7 是高质量 RNA),说明 RNA 完整性越好。定量方法主要有紫外分光光度法和荧光定量法。紫外分光光度法可以通过测量 RNA 在 260nm 和 280nm 处的吸光度比值来估计 RNA 纯度,比值在 1.8 - 2.0 之间表示纯度较好。荧光定量法则是使用专门的荧光染料(如 Qubit)来更准确地测量 RNA 浓度。
文库构建
首先要进行mRNA富集,一般使用带有poly-T的磁珠来特异性地捕获mRNA,因为真核生物mRNA的3'端都有poly-A尾巴。然后将mRNA反转录为cDNA,再通过超声或酶切等方法将cDNA片段化,片段大小通常在几百个碱基对左右。之后在片段两端连接上测序接头,经过PCR扩增来增加文库的量,使其达到可以上机测序的要求。
二代测序的过程有哪些?
二代测序—全外显子测序的原理是什么?
全外显子测序主要是利用序列捕获技术,将基因组 DNA 中的外显子区域富集起来,然后通过高通量测序技术(如第二代测序技术 Illumina 测序平台)对富集后的外显子 DN**段进行测序。其大致步骤包括 DNA 提取、片段化、文库构建、外显子捕获、测序和数据分析等。例如,在文库构建过程中,将提取的基因组 DN**段化后,在片段两端连接上特定的接头序列,这些接头序列可以用于后续的扩增和测序反应。然后通过与外显子区域互补的寡核苷酸探针,将外显子片段从全基因组 DNA 文库中 “捕获” 出来,经过清洗去除未结合的 DN**段后,对捕获的外显子文库进行大规模的平行测序。 二代和三代测序的区别?徐汇区哪里有二代测序提供
二代测序的原理是什么?吉林哪里有二代测序检测
宏基因组二代测序,你了解多少?
宏基因组二代测序(mNGS)是一项覆盖病原谱广且高通量的检测技术,已在临床领域得到了广泛的应用。对于血液病患者,病原mNGS通过对样本快速高通量测序,可以获得更准确、相对无偏倚的病原信息,对病原诊断起到积极的作用,尤其对传统微生物学检测未覆盖到或检测周期较长、阳性率较低的病原可提高检出率。对于临床相关样本应首先完善传统微生物学检测,病理、无菌标本培养仍然是诊断的金标准,病原mNGS是对传统微生物学检测的有力补充和延展而非替代。病原mNGS的报告解读应充分评估检出微生物的致病性、流行病学、生物信息学信息,同时在结合患者临床特征的基础上进行综合判断。 吉林哪里有二代测序检测