不同二代测序技术平台的速度
Illumina 测序平台:这是目前市场上应用较为***的二代测序平台之一,其测序速度较快。例如 Illumina NovaSeq 系列,一次运行可以在 1-3 天内产生大量的数据,通量可达数亿甚至数十亿条读长,能够满足大规模基因组学研究和临床检测的需求。
Roche 454 测序平台:Roche 454 测序系统的测序速度也较快,其特点是测序片段比较长,高质量的读长能达到 400bp 左右,一次运行可以在 24 小时左右完成对一定数量样本的测序。
BGISEQ 系列:华大智造的 BGISEQ 系列测序仪在速度上也有出色表现,如全球二代测序速度**快设备 E25 量产,为快速测序提供了有力支持 二代测序可以边合成边测序吗?湖北哪里有二代测序技术
二代测序的操作流程有哪些?
1.DNA提取与质检
· 纯净、足量、质量好的样本DNA是检测成功的基础(可以来源于血浆、新鲜组织等)
2.DNA处理→文库构建
· 得到统一长度区间+有接头的DNA片段
· 步骤:DNA打断→末端修复→片段筛选→加A尾→接头连接→PCR
3.靶向捕获
· 特定区域基因的定向检测
4.上机测序
· 根据通量情况选择测序仪
· 上样后机器完成
5.数据分析
· 初级分析:光强数据(不同荧光标记碱基)→序列信息(AGCT)
· 二级分析 多仪器自带
· 三级分析 vcf文件 可diy 山西二代测序原理二代测序通量大,可以产生上G的reads.
一代、二代、三代测序的技术原理和技术特点分别是什么?
技术原理:
一代—双脱氧终止法
二代—桥式PCR+4色荧光可逆终止+激光扫描成像
三代—PacBio SMRT测序技术
技术特点:
一代—只能检测序列一致的PCR产物;读长可以较长,比如Sanger可以达到几百bp;通量低,一次只能检测少量的序列;成本低;
二代—可以并行测序;需要放大信号才能检测;通量大,可以产生上G的reads;读长较短,一-般是固定的,比如50、100、150、250等;成本较高
三代:可以并行测序;不需要放大信号,对单个分子进行测序;通量大,比如SequelII平台,一张芯片可以有800万个ZMW;读长较长;测序精确度较差;成本高;
③二代测序一般多久出结果?
3、测序深度和覆盖度要求
测序深度是指每个碱基被测序的平均次数,覆盖度是指测序获得的碱基占整个基因组(或目标区域)的比例。如果要求高测序深度和高覆盖度,比如进行**全基因组的深度测序(测序深度可能达到100X甚至更高),需要更长的测序时间来获取足够的数据,并且后续的数据处理和分析也会更复杂。而对于一些简单的基因筛查项目,测序深度要求较低(如10X-20X),相应的测序和分析时间会缩短。例如,低深度全外显子测序用于筛查常见突变,测序可能在3-5天完成;而高深度的全外显子测序用于检测低频体细胞突变,可能需要7-10天甚至更久。 二代测序的优势是高灵敏度。
什么样本可以做二代测序?③
细胞样本
培养细胞:包括各种原代培养细胞和细胞系。在基础医学研究中,对培养的细胞进行测序可以了解细胞的基因特征和功能变化。例如,在研究细胞信号转导通路时,对经过特定刺激处理的培养细胞进行转录组测序,以分析基因表达的上调或下调情况。
脱落细胞:如痰液中的脱落细胞、尿液中的脱落细胞等。这些细胞可以用于某些疾病的筛查。例如,在肺*筛查中,对痰液中的脱落细胞进行基因检测,通过二代测序寻找肺*相关的基因突变,作为一种非侵入性的检测方法。 二代测序包括全基因组测序和全外显子测序。山东二代测序检测
二代测序的优势是高准确性。湖北哪里有二代测序技术
宏基因组二代测序,你了解多少?
宏基因组二代测序(mNGS)是一项覆盖病原谱广且高通量的检测技术,已在临床领域得到了广泛的应用。对于血液病患者,病原mNGS通过对样本快速高通量测序,可以获得更准确、相对无偏倚的病原信息,对病原诊断起到积极的作用,尤其对传统微生物学检测未覆盖到或检测周期较长、阳性率较低的病原可提高检出率。对于临床相关样本应首先完善传统微生物学检测,病理、无菌标本培养仍然是诊断的金标准,病原mNGS是对传统微生物学检测的有力补充和延展而非替代。病原mNGS的报告解读应充分评估检出微生物的致病性、流行病学、生物信息学信息,同时在结合患者临床特征的基础上进行综合判断。 湖北哪里有二代测序技术