RNA-seq技术的应用领域生物医药领域：RNA-seq技术在、疾病诊断、药物研发等领域有着广泛应用，为临床诊断和提供重要依据。植物生物学：RNA-seq技术可以用于揭示植物生长发育、应激响应等相关基因的表达调控机制，为植物遗传改良和抗性培育提供帮助。发育生物学：通过RNA-seq技术可以研究胚胎发育、发育等过程中基因表达的动态变化，揭示发育调控的机制。微生物学：RNA-seq技术可以揭示微生物在各种环境条件下的基因表达模式，帮助理解微生物的生态适应性及生物合成途径。真核无参转录组让我们有机会深入了解特定组织或细胞在某一特定状态下转录出来的 RNA。真核生物基因的一般结构
RNA-seq在可变剪切和SNP分析中的应用可变剪切分析：RNA-seq可以揭示基因的可变剪切形式，了解不同剪切 isoform 的表达情况和功能。SNP分析：通过RNA-seq数据可以鉴定个体间或不同组织之间的SNP变异，了解SNP在基因表达和调控中的作用。RNA-seq在新转录本发现中的应用新转录本发现：RNA-seq可以发现未知的转录本，对于了解基因的多样性和功能提供了重要信息。转录本差异表达分析：通过RNA-seq可以发现不同组织或条件下的转录本差异表达情况，揭示特定转录本的功能和调控。真核生物基因的一般结构真核无参转录组使得我们理解基因调控网络如何响应环境变化和内部信号进行调整。
Illumina 测序技术是一种广泛应用于基因组学研究、疾病诊断和药物开发领域的高通量测序技术。它基于桥式扩增（bridge amplification）和同步测序（sequencing by synthesis）原理，能够快速产生大量高质量的序列数据。下面将详细介绍 Illumina 测序技术的原理、测序流程及技术优势。Illumina 测序技术的原理是桥式扩增和同步测序。首先，将 DNA 样本切成小片段，然后将每个片段的两端与特定的接头连接，形成 DNA 文库。接下来，将 DNA 文库加载到 Illumina 测序芯片上，每个 DN段会在芯片上形成一个桥式结构。
桥式扩增是指将DNA模板固定在表面上，并用适当引物引导其进行二倍体扩增，形成桥形结构，后续进行测序。具体步骤如下：DNA片段连接和固定：首先，将待测序的DNA样品通过化学处理连接到测序平台上的固定引物上。固定引物通常是亲水性的，能够有效固定DNA分子在平台表面上。桥式扩增：每一个DNA片段都会在平台表面上扩增成桥形结构。这一过程是通过引物的作用，在固定的DNA片段上进行逐一扩增，形成桥形结构。芯片扫描：经过桥式扩增后的DNA桥结构会通过芯片扫描成像，以获取其位置和序列信息。桥式扩增技术的在于将DNA固定在平台上，并通过引物的导向实现二倍体扩增，终形成桥形结构进行测序。这一步骤的高效实现了Illumina测序技术的高通量特性。真核无参转录组能记录下基因表达的变化。
通过二代测序平台，快速获得动植物特定细胞或组织的转录本及基因表达信息，可进行基因表达水平、基因功能、可变剪切、SNP以及新转录本发现等方面的研究。与传统的芯片检测技术相比，RNA-seq技术具有更高的灵敏度和动态范围，可以检测到低表达基因并能够识别出多个同一基因的不同剪切形式。在RNA-seq实验中，首先需要从样品中提取RNA并进行建库，然后将建库后的RNA样本通过测序仪进行高通量测序，得到原始测序数据。接下来，利用生物信息学分析软件对原始测序数据进行质控、比对、拼接和定量分析，终获得基因表达水平、可变剪切、SNP等信息。：通过真核无参转录组测序技术可以揭示疾病相关基因的表达情况。真核生物基因结构示意图
真核无参转录组测序技术可筛选潜在的药物靶点，加快新药研发的速度。真核生物基因的一般结构
随着科学研究的不断深入，人们对基因结构和功能的理解也在不断深化。在这个过程中，短读长测序平台逐渐暴露出一些局限性。虽然它能够提供海量的数据，但在面对一些复杂的基因结构问题时，往往显得力不从心。例如，对于一些具有高度可变剪接、长链非编码RNA以及复杂的基因融合等情况，短读长测序的数据可能难以准确解析。正是在这种背景下，长读长（long-read）RNA-seq的出现犹如一道曙光，为解决这些难题带来了新的希望。长读长RNA-seq的进步使得我们能够更准确地研究基因结构。与短读长测序不同，长读长测序能够产生更长的序列片段，从而能够跨越整个基因甚至更大的基因组区域。真核生物基因的一般结构
