与肽图谱相比,根据Genovis科学家的经验,尤其是对于像抗体这样的分子,许多人在常规实验中做了太多的肽图谱,而中级水平(Middle-level)的方法可以很好地工作。中级方法(IdeS酶切抗体)需要更少的实际操作步骤和较少的示例处理,所有这些都意味着过程中出错的事情更少。我们的许多酶可以作为平台方法,同样的方法适用于绝大多数的抗体,这不是肽图的情况下,可能需要优化整个样品制备,LC分离,质谱设置和数据分析的每个不同的抗体分析。这些变化可能是很小的,但没有一种适用于所有肽图的方法。由于分析和数据分析的简单性,中级方法非常适合自动化和高通量的工作流程。肽图当然可以自动用于样品制备,但高通量肽图生成大量数据,仍然需要彻底分析。事实上,肽图谱是一个多步骤的过程,每一个步骤都可能破坏方法,并可能导致破坏蛋白质的人工制品,很难交叉训练给非专业人员。中级水平的方法很容易交叉训练,我们的方法在质量控制实验室中被成功地使用。肽图谱是一种用于修饰分析和氨基酸确认的方法,但一旦完成了这一工作,我相信使用中级分析可以成功地更有效地完成抗体样本的大部分工作。小鼠 IgG1 在铰链下方具有不同的序列,不被 FabRICATOR Z 消化。山东FabALACTICAIdeS蛋白酶IgG特异性蛋白酶
样品制备的条件可能会在样品中诱发伪影,因此需要避免高温和碱性pH值进行质谱分析。如果可能的话,避免多个步骤并在一锅反应中进行消化和还原也可能是有益的。与IdeS不同,为了探索Genovis的GingisREX对离液剂和去液剂的稳定性和耐受性,在一系列试剂中测试了酶活性,并使用底物测定进行了评估。数据显示,GingisREX在6M时耐受尿素,吐温高达1%,但活性在0.1%时受到SDC的负面影响。该酶在 pH 值范围为 5.0 至 9.0 时显示出活性,在 pH 值为 6.5-8.0 之间。综上所述,GingisREX可用于一锅反应,以同时消化和变性6M尿素。与Genovis的IdeS不同,双特异性 T 细胞接合器 (BiTE) 分子是一种融合蛋白疗法,其中两个 scFv 融合,形成一个双特异性分子,其中一个 scFv 靶向细胞毒性 T 细胞,另一个靶向Ai症抗原。该蛋白质由四个蛋白质结构域组成,两个 scFv 均由 VL 和 VH 区域组成,总共由三个柔性 GS 连接子连接。这种蛋白质的大尺寸(54 kDa)可能对通过完整质谱法进行产品质量监测构成挑战,因为标准MS仪器可能无法提供蛋白质的单同位素分辨率。湖南FabDELLOIdeS蛋白酶IgG特异性蛋白酶单一酶切位点和质谱的精度确保了Fc糖基化谱检测,用于监测批次间的一致性和其他关键质量属性。
Genovis除了提供IdeS酶以外,还提供很多种特异性蛋白酶,如半胱氨酸蛋白酶 FabALACTICA (IgdE)。IgdE 在铰链正上方的一个特定位点消化人 IgG1,产生完整的 Fab 和 Fc 片段的均质池。它在pH值和盐浓度范围内具有活性,不需要任何还原剂或辅助因子。因此,与许多其他常用的蛋白酶相比,FabALACTICA不需要任何优化来避免过度消化。这使得FabALACTICA成为一种有吸引力的酶,例如在还原和非还原条件下的LC-MS分析、抗体高阶结构(HOS)的结晶和NMR研究、双特异性或多特异性抗体的表征、单价结合研究和完整的Fc聚糖分析。
与IdeS不同,Genovis的GingisREX(RgpB)是一种精氨酸特异性蛋白酶,可消化精氨酸残基的C末端蛋白质,包括难以与其他酶消化的Arg-Pro键。该酶可用于肽图分析、从头肽测序和翻译后修饰分析。精氨酸残基的特异性C-末端消化;在其他困难的精氨酸-脯氨酸序列中可靠消化;产生更长的肽-提高序列覆盖率。GingisREX是一种半胱氨酸蛋白酶,可特异性地消化肽键C末端到精氨酸残基,包括与脯氨酸相连的精氨酸。半胱氨酸是酶活性所必需的。与胰蛋白酶消化相比,可生成更长的肽,胰蛋白酶消化可以通过高分辨率质谱进行分离和鉴定。这为自下而上方法的样品制备提供了更多选择,以实现替代的酶解曲线和更高的序列覆盖率。GingisREX在赖氨酸上没有活性,通常使用Arg-C观察到。该酶在5.0-9.0的宽pH值范围内具有活性,它需要半胱氨酸并被盐酸胍抑制。该酶是从牙龈卟啉单胞菌中纯化的。IgMBRAZOR酶能够对复杂和高分子量的人 IgM 进行中级分析,从而促进疫苗诊断等过程中的IgM表征和质量控制。
与IdeS不同,Romiplostim 由四个相同的血小板生成素 (TPO) 受体结合肽和一个 Fc 片段组成,通过柔性聚甘氨酸序列连接在一起。与度拉糖肽类似,用 Genovis的GlySERIAS Immobilized 在 37°C 下过夜,或用 GlySERIAS 冻干 1 小时并在 37°C 下过夜消化该蛋白质。 链间二硫键被还原,以便于通过反相LC-MS进行以下分析。与度拉糖肽的观察结果类似,用固定化酶消化产生均质的 Fc/2,剩下一个连接子残基,此处为甘氨酸残基。这有助于识别专门位于Fc区域的修改。用冻干酶消化 1 小时得到 Fc/2,剩余 4 个甘氨酸残基和少量的 Fc/2 仍与一个 TPO 肽连接。另一方面,这使得研究 Fc/2 和第yi个肽之间的连接区域成为可能,而不会受到第二个肽的干扰。用 GlySERIAS 冻干液过夜消化产生 2 个 Fc/2 变体,分别剩下 4 个和 1 个甘氨酸残基。根据消化时间的不同,使用冻干产物释放的肽以五或七种变体存在,接头中残留的甘氨酸残基数量不同,而使用固定化产物释放的肽以四种变体存在。Genovis提供具有低水平内du素的FabRICATOR (IdeS)冻干。四川FabULOUSIdeS蛋白酶
FabRICATOR(IdeS)酶是生物制药行业中普遍使用的工具。山东FabALACTICAIdeS蛋白酶IgG特异性蛋白酶
不同于IdeS,Genovis的FabDELLO 是一种蛋白酶,可在铰链上方的单个位点消化人 IgG1,在两小时内产生完整的 Fab 和 Fc 片段,无需还原条件。该酶对具有突变铰链区域的抗体(如 LALA 突变)具有活性,并启用中级 LC-MS 来表征具有突变铰链的抗体的关键质量属性。FabDELLO 在铰链上方的单个位点消化人 IgG1 (...KSCDK / THTCPPCP...),生成完整的 Fab 和 Fc 片段。FabDELLO 是一种赖氨酸特异性蛋白酶。单个消化位点是人 IgG1 的三维结构的结果,使这种赖氨酸暴露于酶中。如果去除N-聚糖,则Fc上暴露的赖氨酸处可能会出现额外的消化位点。FabDELLO在天然条件下具有活性,需要钙离子的存在。在37°C和pH 7-8.5下获得良好活性。FabDELLO 是从 Bdellovibrio 细菌克隆而来的,并在大肠杆菌中表达。该酶含有 His 标签,分子量为 32 kDa。山东FabALACTICAIdeS蛋白酶IgG特异性蛋白酶
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