综合腺相关病毒AAV制备的三个工艺阶段介绍，可以看出下游处理可以占病毒生产总成本的很大一部分，而且难度也是非常大，尤其是纯化过程。原因之一是由于有超过100种不同血清型的变体AAV衣壳，不同血清型的AAV蛋白存在差异。因此，各种血清型的表面特性增加AAV纯化难度。原因之二是：针对工艺和产品相关的杂质（包括宿主细胞物质，DNA和空衣壳），缺乏一个有效和可重复的平台方法，尤其是来从空衣壳中分离出完整的衣壳。为了解决以上问题，国内外大的药企公司都致力于纯化新产品的开发，以期达到：（1）实现病毒颗粒的分离（2）减少产品相关杂质（3）保持效力和产量的目标。在AAV生产过程中使用SAN HQ高盐核酸酶。黑龙江500mM盐浓度条件高盐核酸酶
核酸酶活性受到很多因素影响，如盐浓度、pH、底物、温度等。因此，不同客户、不同项目中核酸酶的使用条件都不一样。目前，生物制药行业对Benonase全能核酸酶的使用比较熟悉，如生理盐或低盐浓度、脱盐操作等。对于AdV/AAV等项目，使用SAN HQ高盐核酸酶替代Benzonase时，只需提高反应体系总盐浓度到400mM-500mM即可，温度、Mg2+浓度等条件不用做任何调整，同样酶量的SAN HQ对宿主细胞DNA（HCD）的去除效果更好、病毒载体得率更高。经过工艺优化后，可以将SAN HQ高盐核酸酶的用量减少到原来的1/3-1/4，且HCD去除效果及产品得率更高。甘肃高盐核酸酶70921SAN HQ是生物工艺流程中去除核酸污染的理想选择。
氯化铯(CsCl)/碘克沙醇密度梯度离心大概是经典的AAV纯化技术了。这种技术适用于所有血清型且分辨率高，但是因生产工艺很难放大，低通量等缺点阻碍了其在工业中的应用。继密度梯度离心之后，色谱法不断发展，并逐渐成为一种成熟的、主流的方法。色谱法通过载体的净电荷、疏水性、对配体的亲和性、大小以及其他性质来分离并纯化载体。这类技术有诸多的优点：更具可扩展性和成本效益，可多次重复使用，可并行运行或串联运行，还可有效去除非定植剂，这是开发后期的一个关键方面。
残留的宿主DNA是生产中产生的杂质，其存在潜在的致瘤性、传染性和免疫原性等风险。相关研究表明，基因的大小普遍在200bp以上，因此大于200bp有可能会有一定的致病性，而且残留DNA片段越大，生物制品的风险等级越高。因此，各国监管机构对其提出了严格要求。美国食品药品监督管理局（FDA）在《关于人类基因zhiliao新产品生产指导文件》中明确指出HCD的片段要小于200bp。2022年5月，国家药品监督管理局药品评审中心（CDE）发布的《体内基因药物产品药学研究与评价技术指导原则（试行）》中也明确指出需对DNA残留量和残留片段大小进行控制，建议尽量将DNA残留片段的大小控制在200bp以下。SAN HQ高盐核酸酶有助于减少了宿主细胞残留DNA的污染，提高了基因药物的安全性。
一个美国客户做了对照实验，比较Benzonase和SAN HQ高盐核酸酶纯化病毒载体的效率。实验设计如下，HEK293细胞转染及培养后，分别取了150Million的293细胞进行裂解，分别在各自适宜的条件下（即SAN HQ组反应条件为500mM盐浓度，而Benzonase组反应条件是150mM盐浓度）加入等量的酶（0、2kU、3kU、4kU、5kU、6kU），37°孵育1hr，加入Picogreen染料后检测DNA的残留量。结果发现，SAN HQ高盐核酸酶组用更少的酶得到了更好的去除效果（即2kU的SAN HQ消化结果明显优于6kU的Benzonase），且SAN HQ的高纯化效率是非血清型依赖的。SAN HQ用量是Benzonase用量的1/3-1/4，酶用量更少，成本更低、工艺更简单。青海SAN HQ高盐核酸酶70921-160
SAN HQ高盐核酸酶在低温下也能保持高活性。黑龙江500mM盐浓度条件高盐核酸酶
从国内来看，由于 AAV 基因药物研发管线绝大部分集中在眼科遗传病上，载体用量较小，三质粒共转染 AAV 系统足以满足未来的临床及商业需求，因此，国内的 AAV 生产系统主要以三质粒为主。然而，考虑到未来 AAV 基因药物在血液、神经系统、肌肉系统等领域的临床应用，三质粒系统显然难以胜任。如药明生基从国外收购了 OXGENE 的辅助腺病毒 AAV 生产系统 TESSA，据报道较三质粒系统有10倍的提升；而基因药物 CDMO 企业北京五加和基因则在国内率先采用了陈海峰博士的威洛克公司授权的Bac-to-AAV 系统，凭借公司在病毒载体领域持续30年的研发经验，不断摸索、试验，终于在临床级生产方面获得了巨大的成功，为 AAV 基因药物管线研发公司锦篮基因进行多批次临床 CDMO 代工生产。黑龙江500mM盐浓度条件高盐核酸酶
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