在生物工艺流程中，需要使用核酸酶去除终产品中的核酸污染，而核酸酶作为外源成份，也需要在生产流程中去除。核酸酶去除工艺包括热灭活法、酶抑制剂、离子交换和亲合层析法等。AAV衣壳亚种之间因表面电荷的差异导致不同的的等电点，——空衣壳pI在6.3左右，包装了完整基因组DNA后的病毒颗粒pI大致为5.9。而来自于S.marcescens的全能核酸酶pI 6.85左右，SAN HQ高盐核酸酶pI 9.6左右。因此，在同样的条件下，从AAV溶液中去除SAN HQ高盐核酸酶比去除Benzonase全能核酸酶更容易、更彻底。SAN HQ高盐核酸酶能够使载体表面的DNA去除更彻底，得到的AAV病毒颗粒更稳定。黑龙江ArcticZymes高盐核酸酶70921-202
综合腺相关病毒AAV制备的三个工艺阶段介绍，可以看出下游处理可以占病毒生产总成本的很大一部分，而且难度也是非常大，尤其是纯化过程。原因之一是由于有超过100种不同血清型的变体AAV衣壳，不同血清型的AAV蛋白存在差异。因此，各种血清型的表面特性增加AAV纯化难度。原因之二是：针对工艺和产品相关的杂质（包括宿主细胞物质，DNA和空衣壳），缺乏一个有效和可重复的平台方法，尤其是来从空衣壳中分离出完整的衣壳。为了解决以上问题，国内外大的药企公司都致力于纯化新产品的开发，以期达到：（1）实现病毒颗粒的分离（2）减少产品相关杂质（3）保持效力和产量的目标。山西基因药物生产用高盐核酸酶SAN HQ高盐核酸酶具有热不稳定的特性，在还原剂存在条件下，50℃、30min孵育即可失活；
在不同的盐浓度条件下，AAV病毒载体的存在形式不同。低盐浓度条件下，AAV病毒颗粒表面会通过电荷作用等非特异结合到HCD上，从而产生病毒颗粒团聚现象。随着溶液盐浓度上升，AAV病毒颗粒与HCD的离子相互作用会被破坏，AAV病毒颗粒会逐渐解离。当盐浓度升到更高范围（>400mM左右），AAV病毒颗粒与HCD的结合更弱，AAV颗粒更稳定。因此，在高盐浓度溶液中，AAV颗粒更加稳定，且有数据表明高盐浓度不会削弱AAV的侵染能力。所以，我们推荐提高AAV病毒生产中的盐浓度。
一个美国客户做了对照实验，比较Benzonase和SAN HQ高盐核酸酶纯化病毒载体的效率。实验设计如下，HEK293细胞转染及培养后，分别取了150Million的293细胞进行裂解，分别在各自适宜的条件下（即SAN HQ组反应条件为500mM盐浓度，而Benzonase组反应条件是150mM盐浓度）加入等量的酶（0、2kU、3kU、4kU、5kU、6kU），37°孵育1hr，加入Picogreen染料后检测DNA的残留量。结果发现，SAN HQ高盐核酸酶组用更少的酶得到了更好的去除效果（即2kU的SAN HQ消化结果明显优于6kU的Benzonase），且SAN HQ的高纯化效率是非血清型依赖的。高盐浓度能够减少目标产物聚集、增加目标产物溶解度及提高目标产物产量。
经典的慢病毒载体（LV）的生产工艺如下，——三质粒系统瞬时转染HEK293细胞系，转染24小时后LV由转染阳性细胞生产并排出到培养上清液中；收获上清培养液后，加入核酸酶去除HCD污染，通过澄清步骤去除大的细胞碎片等杂质；下游纯化步骤分离LV载体，纯化方法包括切向流过滤TFF、色谱纯化及超速离心；纯化后的LV病毒颗粒经过无菌过滤，更换到优化后的配方中，灌装并冷冻保存。每批Car-T生产时取对应量的LV病毒，切忌反复冻融，否则LV病毒会失活。ArcticZymes Technologies成立于20世纪80年代后期，总部位于挪威北部的特罗姆瑟(Tromsø)。湖南ArcticZymes高盐核酸酶70921-150
SAN HQ高盐核酸酶是用Pichia pastoris表达的重组非特异性内切核酸酶。黑龙江ArcticZymes高盐核酸酶70921-202
离子交换层析 (IEC) 是一种简单、通用且经济高效的技术，已成为许多载体纯化的关键步骤。IEC分为阴离子/阳离子交换柱，其中AEC（Anion-exchange chromatography）适用于AAV纯化，是大规模AAV生产中去除空衣壳的主要手段。AAV衣壳亚种之间因表面电荷的差异导致不同的的等电点。空衣壳PI在6.3左右，包装了完整基因组DNA后的病毒颗粒PI大致为5.9。AAV与基质之间的静电相互作用正是取决于衣壳的等电点(pI)和缓冲液的pH值。基于这一原理在正电荷固定相上进行样品的分离纯化，去除杂质（如空衣壳和部分衣壳），并有效地回收目的载体。黑龙江ArcticZymes高盐核酸酶70921-202
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